К началу проектных исследований по реставрации белорусской части Августовского канала была принята конкретная научная концепция, по которой предполагалось не только восстановление судоходных и распределительных шлюзов, но и проведение соответственных гидротехнических и мелиоративных работ на междушлюзовых участках для обеспечения сквозной навигации прогулочных теплоходов по всей трассе канала. Это вызвало уничтожение в процессе работ по реконструкции межшлюзовых участков уникального биоценоза, который сложился в период 1939-2004 годов – в годы, когда белорусская часть канала бездействовала.

На территории белорусской части Августовского канала выступает более 2000 тысяч видов животного мира. Наиболее многочисленным и богатым видами является мир насекомых. На обследованной территории выявлено 11 видов насекомых, занесенных в Красную книгу Республики Беларусь, – жужелица решетчатая, жужелица фиолетовая, скакун песчаный, навозник весенний, бронзовка мраморная, махаон, переливница большая, сенница Гера, павлиний глаз малый ночной, лента орденская голубая, медведица-госпожа, шмель Шренка и красотка блестящая. К достаточно редким видам можно отнести таких представителей бореальных видов, как бабочки скальник арктический (Oeneis jutta), тундровая жемчужница (Boloria aquilonaris), жемчужница болотная (Boloria pales).

Решение о реставрации белорусской части Августовского канала было принято Указом Президента Республики Беларусь А.Г. Лукашенко 8 января 2004 года. В 2004-2006 годах были проведены проектные и ремонтно-реставрационные работы по всей трассе белорусской части Августовского канала. (Проектирование было поручено РУП «Гидроводхоз» -- директор А.А.Красуцкий, главный инженер проекта А.И. Капустинский, научный руководитель проекта А.С. Пархута. В ходе проектно-изыскательских работ были задействованы ведущие проектные организации Гродно и Минска). Работы на канале начались в августе 2004 года. Заказчиком выступило Государственное унитарное предприятие «Управление капитального строительства Гродненского облисполкома» (директор В.Д.Косарев), генеральной подрядной организацией был определен «Гродномелиоводхоз» (генеральный директор Б.И.Богданец).